Društvo je bilo ustanovljeno leta 1997 kot plod zavzetega prizadevanja, da bi to mlado interdisciplinarno disciplino pripeljali v slovensko znanstveno sfero in da bi povezali strokovnjake, ki se že ukvarjajo z raziskovanjem duševnosti. Med ustanovnimi člani je treba omeniti predvsem prizadevanja Mitje Peruša. Pomembno vlogo pri organizaciji prvega javnega dogodka s področja kognitivnih znanosti pa je odigrala tudi Manca Košir.
Osnovna naloga društva je bila in je še vedno koordinacija raziskovalnega dela in sodelovanja ter organizacija konferenc, seminarjev in posvetovanj s področja kognitivne znanosti. Osnovna zamisel delovanja društva je bila v tem, da bi večina raziskovalnega dela potekala na matičnih institucijah, DKZ pa bi skrbelo za koordinacijo in komuniciranje med slovenskimi strokovnjaki.
Najpomembnejše redne aktivnosti društva so vsakoletna konferenca in skupščina društva. Vsakoletne konference in znanstvena srečanja, ki jih prireja DKZ, so skozi leta spreminjala značaj. V začetnih letih (1995, 1996, 1997) je šlo za forume. Srečanje leta 1998 se je prvič odvijalo pod okriljem Festivala znanosti (ki ga je prirejala Slovenska znanstvena fundacija) in smo ga imenovali 1. konferenca kognitivnih znanosti. Enako obliko in isto prizorišče (Cankarjev dom) so si delila še srečanja v letih 1999 in 2000. Leta 2001 je bila konferenca organizirana v okviru Infosa, za tem pa je vsakoletna kognitivna konferenca postala del multikonference Informacijska družba (IS), ki se odvija na Institutu Jožef Stefan. Nekatere od naštetih konferenc so bile tematsko usmerjene, spet druge pa so poskušale narediti splošen letni pregled dogajanja na področju kognitivnih znanosti pri nas in v svetu. Najbolj aktivni organizatorji so bili Mitja Peruš, Janek Musek, Igor Kononenko, Grega Repovš, Andrej Ule, Andrej Detela, Eva Žerovnik, Igor Jerman, Matjaž Gams, Urban Kordeš in Olga Markič.
Leta 2004 je bila sprejeta tudi etična zaveza DKZ, ki se glasi:
1. Vsak/a član/ica naj se trudi, da po svojih najboljših močeh razvija in uporablja spoznanja kognitivnih znanosti v prid človeka in okolja, ter preprečuje zlorabe oziroma evidentno človeku in okolju škodljive uporabe kognitivno-znanstvenega znanja.
2. Zaveza velja od dneva sprejema za vse člane društva.
3. O spornih primerih možnih zlorab razpravlja Častno razsodišče društva ali v posebnih primerih tudi Zbor društva. (11. 10. 2004, Andrej Ule, predsednik komisije za oblikovanje etičnih vodil DKZ)
Prvi upravni odbor Društva za kognitivne znanosti so sestavljali: Mitja Peruš (tajnik, koordinator za naravoslovje), Matjaž Gams (predsednik, koordinator informatike), Matjaž Potrč (koordinator za kognitivno filozofijo), David B. Vodušek (koordinator za kognitivno nevroznanost), Simona Tancig (koordinatorka za kognitivno psihologijo) in Artur Štern (koordinator za antropologijo).
Leta 2005 je vodstvo prevzel Urban Kordeš, podpredsednica društva je od tega leta naprej Olga Markič, leta 2007 pa je tajnik postal Toma Strle. Leta 2013 je predsednica društva postala Olga Markič. Častni član DKZ je prof. dr. Andrej O. Župančič, zaslužni podporniki DKZ pa slikarka Danica Blagojević-Bresjanae, dia prof. dr. Manca Košir, dr. Edvard Kobal, Anka Hribar Košmerl, akad. slik., Drago Hrvacki, akad. slik., Zdenko Huzjan, akad. slik., Mladen Jernejec, akad. slik. spee., Vladimir Koprivnikar, slikar-samorast., Matjuška Teja Krašek, akad.slik., Janez Pirnat, akad. kipar, Darja Prelec Kozina, akad.slik., Zorka Svatina Ciman, slik.-samorast.
Že ob začetku delovanja so se pojavile iniciative za oblikovanje interdisciplinarnega podiplomskega študija kognitivne znanosti. Leta 2002 se je izoblikovala delovna skupina kognitivnih znanstvenikov (Andrej Ule, Olga Markič, Urban Kordeš), ki je sodelovala v mednarodnem Erasmus projektu priprave interdisciplinarnega magistrskega programa kognitivne znanosti. Ta program je pod vodstvom Urbana Kordeša leta 2009 zaživel na Univerzi v Ljubljani. Več o študiju: www.pef.uni-lj.si/kognitivna/, www.meicogsci.eu. Na skupščini društva leta 2011 je bila na pobudo študentov kognitivne znanosti ustanovljena študentska sekcija društva.